Boken handlar om flickan Coraline Jones som tillsammans med sin familj flyttar till ett stort hus på landet. Efter att hon har utforskat det nya huset så finner hon en dörr som inte leder till någonting. Den natten vaknar hon av en skugga som rör sig och som hon sedan följer ner till dörren. Den här gången hittar Coraline en mystisk gång bakom den och nyfiken som hon är går hon igenom den för att utforska. På andra sidan finns ett hus som ser nästan exakt likadant ut som Coralines egna. Även hennes mamma och pappa finns där, den enda skillnaden är att de har knappar istället för ögon. De bryr sig väldigt mycket om Coraline och vill att hon ska stanna hos dem för all framtid. Det enda Coraline behöver göra är att byta ut sina egna ögon mot knappar.

Till en början är som sagt Coralines “andra föräldrar” jättesnälla mot henne och en intern konflikt skapas. Ska hon stanna hos de andra föräldrarna som alltid lagar god mat och som alltid spenderar tid med henne eller ska hon återvända till sina riktiga föräldrar?

Den stora externa konflikten skapas en dag när Coraline återvänder hem från den andra mammans hus. I sitt riktiga hem upptäcker Coraline att hennes riktiga föräldrar är spårlöst försvunna. Det visar sig senare att den andra mamman har kidnappat dem. Coraline måste då hitta sina riktiga föräldrar som den andra mamman gömt någonstans i sitt hus, vilket kräver både mod och listighet.